A 問題ありません。Safariの仕様です。

iPhoneのお客様がSafariからHPの電話番号をタップすると、「このWebサイトから自動的に電話をかけることは禁止されています。」と表示されることがあります。
これは、同一ページ内の電話番号のリンクを3回以上タップした場合にそのようなポップアップが表示されるというSafariの仕様です。
iPhoneをカバンやポケットに入れている際に誤動作で電話してしまうことを防ぐためのようです。

ご自身が操作しているのであれば、なんの問題もございません。
「通話を許可」をタップして、普通に発信してください。